父亲曾经是恶意欠款人，一般不会影响儿子入警。

首先，我们需要明确的是，个人的信用记录或债务情况通常只与本人相关，并不会直接影响到其家庭成员的职业生涯或发展。在儿子入警的这个问题上，主要考察的是儿子本人的品行、能力、学历、身体素质等方面，而与其父亲的信用记录或债务情况无直接关联。

其次，虽然父亲作为家庭成员的一部分，其某些行为或情况可能会在一定程度上对儿子产生间接影响，但这种影响通常是通过家庭环境、教育方式等渠道产生的，而非直接由法律或制度规定。因此，在儿子入警的审查过程中，一般不会将父亲的恶意欠款行为作为考察或评估的要素。

最后，需要指出的是，如果父亲存在恶意欠款等不良信用记录，可能会对其本人的生活、工作等方面产生一定影响。但这并不意味着这种影响会直接传递到儿子身上，特别是当儿子已经成年并具备独立民事行为能力时。

综上所述，父亲曾经是恶意欠款人，一般不会影响儿子入警。但为了确保儿子能够顺利通过入警审查，建议儿子在准备入警材料时，如实填写个人信息，并主动说明相关情况，以避免因信息不对称或误解而产生不必要的麻烦。