劳动合同中的基本工资可以低于实发工资。基本工资是劳动合同中约定的固定部分，它可能低于当地最低工资标准，但劳动者的实际工资（包括基本工资、提成、奖金、补贴等非加班工资部分）必须不低于当地最低工资标准。

详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 《劳动合同法》第五十五条也规定，集体合同中劳动报酬和劳动条件等标准不得低于当地人民政府规定的最低标准；用人单位与劳动者订立的劳动合同中劳动报酬和劳动条件等标准不得低于集体合同规定的标准。

2. 基本工资与实际工资的区别：

   • 基本工资是劳动合同中约定的固定薪酬部分，它可能并不直接等同于劳动者实际到手的工资。
   • 实际工资是劳动者在合同期间内实际获得的全部劳动报酬，包括基本工资、提成、奖金、补贴等非加班工资部分。

3. 风险与后果：

   • 如果劳动者的实际工资低于最低工资标准，劳动者有权要求用人单位补足差额，并向劳动行政部门投诉举报或申请劳动争议仲裁、提起诉讼。
   • 用人单位将面临劳动行政部门的处罚，包括限期支付差额部分和加付赔偿金。

举例说明：

假设某地区最低工资标准为2000元/月，某劳动者的劳动合同中约定基本工资为1800元/月，但通过提成、奖金等方式，该劳动者实际每月获得的总工资为2500元/月。在这种情况下，虽然基本工资低于最低工资标准，但实际工资高于最低工资标准，因此是合法的。

总结与建议：

虽然劳动合同中的基本工资可以设定为低于最低工资标准，但用人单位必须确保劳动者的实际工资不低于该标准。为保障双方权益，建议在签订劳动合同时明确约定工资构成及支付方式，并严格遵守相关法律法规。如遇到争议，应及时通过合法途径解决。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。