结论前置：离婚协议中抚养权归男方，但实际抚养人为女方的情况下，男方有权起诉确认抚养权，但法院将依据最有利于未成年子女的原则进行裁决。

详细分析：

1. 抚养权的法律性质：

   • 抚养权是基于父母与子女之间的身份关系而产生的一项法定权利与义务。离婚协议中的抚养权约定，仅是对孩子实际生活安排的约定，并不改变父母双方的抚养权法律性质。

2. 实际抚养与抚养权归属：

   • 虽然离婚协议中约定抚养权归男方，但若孩子实际上一直由女方抚养，这构成了实际抚养状态与协议约定不一致的情况。
   • 在此情况下，男方作为法定抚养权人，有权向法院提起诉讼，要求确认抚养权并寻求相应的法律救济。

3. 法院裁决原则：

   • 法院在审理此类案件时，将遵循《民法典》及相关司法解释的规定，以最有利于未成年子女的原则作为基本价值导向。
   • 法院会综合考虑孩子的年龄、性别、生活状态、父母双方的抚养能力、抚养条件以及孩子的自身意愿（若已年满八周岁）等因素，作出最有利于孩子健康成长的裁决。

4. 可能的结果：

   • 若法院认为女方实际抚养孩子更有利于孩子的健康成长，且男方未能提供充分证据证明其更适合抚养孩子，法院可能会维持现状，即继续由女方实际抚养孩子。
   • 若法院认为男方更适合抚养孩子，或者女方存在不适宜继续抚养孩子的情形，法院可能会判决抚养权归男方，并要求女方履行相应的抚养义务。

总结：

在离婚协议中抚养权归男方，但实际抚养人为女方的情况下，男方有权起诉确认抚养权。然而，法院将依据最有利于未成年子女的原则进行裁决，综合考虑多种因素后作出最有利于孩子健康成长的决定。因此，在处理此类纠纷时，应充分尊重孩子的权益和意愿，确保孩子能够在健康、安全的环境中成长。