针对您提出的问题“公务员入职没有入职通知书只有协议是否有效”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确公务员入职的常规流程。通常情况下，公务员入职会有一系列的正式手续，包括发布录用通知、签订入职协议或合同等。这些手续的目的是为了明确双方的权利和义务，确保公务员的合法权益得到保障。

接下来，我们来看入职通知书的作用。入职通知书是公务员被正式录用的书面证明，它通常包含了入职时间、工作岗位、薪资待遇等关键信息。这份通知书不仅是公务员入职的凭证，也是其后续办理相关手续（如报到、工资发放等）的重要依据。

然而，在某些情况下，可能由于各种原因（如时间紧迫、流程简化等），公务员入职时并未收到正式的入职通知书，而是直接签订了入职协议。这时，我们就需要分析这份协议的法律效力。

入职协议，如果内容合法、双方自愿签订，并且明确了双方的权利和义务，那么它在一定程度上是可以视为双方建立劳动关系的凭证的。但是，需要注意的是，入职协议并不能完全替代入职通知书的作用。因为入职通知书通常包含了更多关于入职细节的信息，而这些信息可能在入职协议中并未完全体现。

此外，我们还需要考虑法律法规的约束。根据《中华人民共和国公务员法》等相关法律法规，公务员的录用和管理应当遵循一定的程序和规定。如果入职时未按照法定程序办理相关手续，可能会引发一系列的法律问题。

综上所述，虽然在没有入职通知书的情况下只有协议，如果这份协议内容合法、双方自愿签订，并且明确了双方的权利和义务，那么它在一定程度上是有效的。但是，为了确保公务员的合法权益得到充分保障，建议还是应当按照法定程序办理入职手续，包括发放入职通知书等。如果确实存在特殊情况无法发放入职通知书，也应当通过其他方式（如书面说明、电子邮件等）向公务员明确入职的相关信息。