结论前置：入职时公司只给签了书面协议，其是否有效主要取决于协议内容是否合法、全面，以及双方意思表示是否真实。若该书面协议具备劳动合同的必备条款且内容合法，双方自愿签订，则通常被视为有效；但为确保双方权益，建议尽量签订内容详尽的劳动合同。
一、书面协议有效的情况
协议内容合法且全面：
- 如果书面协议中包含了《中华人民共和国劳动合同法》所规定的劳动合同应当具备的条款，如用人单位信息、劳动者信息、劳动合同期限、工作内容和地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险、劳动保护等，并且这些条款内容不违反法律法规的强制性规定，那么该书面协议通常会被认定为有效，并可视为劳动合同。
- 举例：小李与一家公司签订了书面协议，协议中明确约定了工作岗位、工作地点、合同期限、月薪以及工作时间和休息休假等内容。该协议是双方自愿签订，且不违反法律规定，因此这份书面协议是有效的，并可视为双方签订了书面劳动合同。
双方真实意思表示：
- 书面协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形。只有基于双方真实意思表示签订的协议，才能被法律认可为有效。
二、书面协议无效的情况
协议内容违法：
- 如果书面协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如约定过长的工作时间而不支付加班费，或违反劳动安全卫生规定等，那么该协议可能被认定为无效。特别是当这些违法条款影响到协议的主要目的时，整个协议也可能因此被认定无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的书面协议，受损害方有权请求劳动争议仲裁机构或者人民法院确认该协议无效。
三、书面协议不能替代劳动合同的风险
- 尽管在某些情况下，书面协议可以被视为有效的劳动合同，但如果其条款不够全面，未能涵盖劳动合同应有的所有必备条款，那么从严格意义上讲，它并不能完全等同于签订了劳动合同。
- 按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。因此，如果书面协议不能满足劳动合同的要求，用人单位可能面临支付双倍工资的法律风险。
四、建议
- 为了确保双方的权益得到更全面的保障，建议还是尽量签订内容详尽、条款明确的劳动合同。
- 如果对书面协议的效力或具体内容有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况给出专业的法律意见。
在处理此类问题时，请务必保持谨慎，并确保所有协议和合同都符合法律法规的要求，以保障自身的合法权益。