小包工头在工地发生疾病死亡，责任承担需分情况确定：
若小包工头与施工单位存在劳动关系：
- 小包工头在工作时间和工作场所内，因工作原因突发疾病死亡，或者在48小时之内经抢救无效死亡的，根据《工伤保险条例》的规定，可以视同工伤。此时，施工单位应承担工伤赔偿责任。
若工程存在违法转包、分包情况：
- 施工单位将工程违法转包、分包给不具备用工主体资格的小包工头，若小包工头在工地因自身疾病突发死亡，根据最高人民法院的指导案例，社会保险行政部门可以判定由施工企业承担工伤保险责任。这一责任承担并不以施工企业与小包工头之间存在直接劳动关系为前提。
若小包工头是独立承揽工程：
- 若小包工头并非受雇于施工单位，而是作为独立的承揽人承揽工程，并自行组织工人进行施工，那么其因自身疾病突发死亡，一般不涉及工伤赔偿。此时，责任承担可能需要根据小包工头与发包方之间的合同约定以及相关法律法规进行具体分析。
在处理此类案件时，关键在于明确各方法律关系、过错程度以及是否存在违法转包、分包等情形。若您或您的亲友遇到此类问题，建议及时咨询专业律师，以便准确判断责任主体和赔偿数额，维护自身合法权益。