针对您提出的问题，结论前置如下：

法院在判断时会综合考虑多方面因素，特别是会审查被告提出诉讼时效抗辩的合理性与合法性，以及原告是否存在导致诉讼时效中断或中止的情形。若被告的诉讼时效抗辩成立，且原告无证据反驳，法院可能会判决原告败诉；反之，若原告能证明诉讼时效未过期，或存在中断、中止情形，法院则会支持原告的诉讼请求。

以下是对此结论的详细展开：

1. 诉讼时效抗辩的审查：

   • 被告在开庭时提出诉讼时效抗辩，法院首先会审查这一抗辩是否符合法律规定，即是否超过了法定的诉讼时效期间。
   • 法院还会考虑被告是否在诉讼过程中以其他方式（如书面答辩、庭前会议等）明确表示过放弃诉讼时效利益，若被告曾明确表示放弃，则其后提出的诉讼时效抗辩可能不被法院采纳。

2. 原告证据的审查：

   • 原告需要提供证据证明其诉讼请求未超过诉讼时效，或者存在导致诉讼时效中断、中止的法定事由。
   • 法院会仔细审查原告提交的证据，包括但不限于书面合同、催款记录、被告的还款承诺等，以判断诉讼时效是否确实未过期。

3. 诉讼时效中断、中止的认定：

   • 如果原告能证明在诉讼时效期间内，其曾向被告主张过权利，或者存在其他导致诉讼时效中断的法定事由（如被告同意履行义务、原告提起诉讼或申请仲裁等），则诉讼时效会重新计算。
   • 如果原告能证明存在导致诉讼时效中止的法定事由（如不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权等），则诉讼时效在中止事由消除之日起继续计算。

4. 法院的最终判决：

   • 在综合考虑上述因素后，法院会作出最终判决。如果被告的诉讼时效抗辩成立，且原告无证据反驳，法院会判决原告败诉，驳回其诉讼请求。
   • 如果原告能证明诉讼时效未过期，或存在中断、中止情形，法院则会支持原告的诉讼请求，判决被告承担相应的债务清偿责任。

综上所述，法院在判断立案后被告明确表示偿还债务但开庭时又提出超过诉讼时效的案件时，会综合考虑多方面因素，并依据相关法律规定作出判决。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。