当公司因搬迁后注销导致员工的劳动关系终止时，员工的赔偿问题主要遵循《劳动合同法》的相关规定。以下是对您关心的赔偿问题的详细解答：
赔偿标准
按工作年限计算经济补偿：
- 员工在公司工作满一年的，公司需支付一个月工资作为经济补偿；
- 工作满六个月但不满一年的，按一年计算，即支付一个月工资；
- 工作不满六个月的，支付半个月工资作为经济补偿。
月工资高于平均水平三倍的特殊情况：
- 如果员工的月工资高于所在直辖市或设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付；
- 在这种情况下，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
赔偿流程
协商解除劳动合同：
- 当公司因搬迁等客观情况发生重大变化，导致劳动合同无法继续履行时，公司应与员工协商解除劳动合同；
- 双方协商一致后，公司按照上述标准支付经济补偿金。
提前通知或额外支付工资：
- 如果公司未能与员工就变更劳动合同内容达成协议，且公司决定解除劳动合同，需提前三十日以书面形式通知员工；
- 或者，公司可以选择额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
公司注销前的清算义务：
- 在公司注销前，公司需依法进行清算，确保清偿职工的工资、社保费用及法定补偿金等；
- 如果公司未经合法程序直接注销，且清算组或股东存在过错，未履行清算义务导致员工权益受损，员工有权要求其承担赔偿责任。
注意事项
- 确保赔偿协议合法有效：员工在与公司协商赔偿时，应确保赔偿协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形，且协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 及时维权：如果公司未按照法律规定支付经济补偿金，员工应及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司搬迁注销后员工的赔偿问题主要依据《劳动合同法》的相关规定进行，赔偿标准按员工在公司的工作年限计算，并需遵循一定的赔偿流程。员工在维权过程中应确保赔偿协议的合法有效，并及时向相关部门投诉或寻求法律援助以维护自己的权益。