针对“政府部门存量劳务派遣人员如何处理”的问题，以下是一些具体的建议和措施，这些建议主要基于上海市的相关政策和规定，但也可为其他地区提供一定的参考：
一、合同与协议处理
对于已存在的劳务派遣人员和其合同、协议，应确保在合法合规的前提下进行妥善处理。具体来说：
合同继续履行：若劳务派遣单位的《劳务派遣经营许可证》因不符合许可条件被撤销、吊销或未延续，原依法订立的劳动合同和劳务派遣协议可继续履行至派遣期限届满。
合同变更与解除：在合同期限内，如需变更或解除劳务派遣合同，应严格按照《中华人民共和国劳动合同法》及其实施条例的相关规定执行，确保双方权益得到保障。
二、同工同酬与福利待遇
为确保劳务派遣人员与正式员工享有同等的权益，应落实同工同酬原则：
薪酬分配：用工单位应按照同工同酬的原则，对劳务派遣人员与本单位同类岗位的劳动者实行相同的劳动报酬分配办法。
福利待遇：除了薪酬外，还应确保劳务派遣人员在社会保险、休假、培训等方面享有与正式员工同等的福利待遇。
三、岗位管理
对于劳务派遣人员的岗位管理，应明确其岗位性质和职责：
辅助性岗位确定：用工单位应按照相关规定，经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定适用劳务派遣用工的辅助性岗位范围，并在单位内公示。
岗位调整：如需对劳务派遣人员进行岗位调整，应确保其符合岗位调整的条件和程序，并与其进行充分沟通。
四、工伤处理
对于劳务派遣人员在用工单位发生工伤的情况，应明确责任和处理流程：
工伤认定：由劳务派遣单位或外省市劳务派遣单位在本市设立的分支机构向注册地区人力资源社会保障行政部门提出工伤认定申请，并承担相关责任。若外省市劳务派遣单位未在本市设立分支机构，则由用工单位提出工伤认定申请。
工伤待遇：用工单位应按照国家和本市工伤保险规定承担应当由用人单位支付的工伤保险待遇及浮动费率等责任。劳务派遣单位对用工单位的工伤保险责任依法承担连带赔偿责任。
五、社会保险与招工备案
对于社会保险和招工备案的处理，应确保符合相关规定：
社会保险缴纳：外省市劳务派遣单位向本市派遣员工的，应按照本市标准在本市为派遣员工缴纳社会保险。若外省市劳务派遣单位未在本市设立分支机构且用工单位未按规定缴纳社会保险的，用工单位应先行承担工伤、医疗等社会保险待遇。
招工备案：外省市劳务派遣单位在本市设立分支机构的由分支机构办理招工备案手续；未设立分支机构的由用工单位办理用工备案手续。
六、欠薪保障与纠纷处理
为确保劳务派遣人员的合法权益不受侵害，应建立健全欠薪保障和纠纷处理机制：
欠薪保障：劳务派遣单位或用工单位符合欠薪保障金垫付情形的，相关行政机关在查清纠纷情况和欠薪事实后，可对劳动者的欠薪进行垫付。
纠纷处理：对于劳务派遣过程中发生的纠纷，应依法进行调解、仲裁或诉讼处理，确保双方权益得到妥善解决。
七、转为人力资源服务外包的注意事项
若劳务派遣单位和用工单位计划将派遣用工转为人力资源服务外包，应注意以下事项：
管理方式调整：应调整原劳务派遣法律关系所形成的管理方式，根据人力资源服务外包的性质合理确定管理界限。
合规性审查：在转为人力资源服务外包前，应进行充分的合规性审查，确保符合相关法律法规和政策要求。
综上所述，政府部门存量劳务派遣人员的处理需要综合考虑合同、薪酬、岗位、工伤、社会保险、招工备案、欠薪保障与纠纷处理以及转为人力资源服务外包等多个方面。通过依法合规的处理方式，可以确保劳务派遣人员的合法权益得到保障，同时促进用工单位的稳定发展。