针对政府部门劳务派遣人员违纪的处理问题，这是一个涉及劳动法律法规、劳务派遣协议以及单位规章制度等多方面的综合问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与基本原则
首先，对劳务派遣人员违纪行为的处理，必须严格遵循《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国劳动合同法实施条例》以及《劳务派遣暂行规定》等相关法律法规。这些法律法规为处理劳务派遣人员违纪行为提供了明确的法律依据和原则指导，确保处罚的合法性和合理性。
二、具体处理方式
依据劳动合同法：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，若劳务派遣人员严重违反用人单位（即用工单位）的规章制度，用工单位有权将其退回劳务派遣单位。劳务派遣单位在接到退回通知后，应依法审查违纪事实，并根据情况决定是否解除与该劳务派遣人员的劳动合同。
- 具体违纪情形包括但不限于：在试用期间被证明不符合录用条件、严重违反规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害、同时与其他用人单位建立劳动关系对完成本单位工作任务造成严重影响且拒不改正、因违法行为致使劳动合同无效、被依法追究刑事责任等。
依据派遣协议与规章制度：
- 劳务派遣单位与用工单位应在派遣协议中明确约定违纪处理方式和标准。同时，劳务派遣单位应制定完善的内部规章制度，详细规定员工行为规范、违纪情形及相应处罚措施，并向劳务派遣人员进行公示或告知。
- 常见处罚措施包括：警告（口头或书面）、罚款（金额需合理且不超过法规限度）、调整工作岗位、退回劳务派遣单位等。对于严重违纪行为，劳务派遣单位有权依法解除劳动合同。
处理流程：
- 调查核实：用工单位应对劳务派遣人员的违规行为进行详细调查，确保事实清楚、证据确凿。
- 沟通处理：若确认存在违纪行为，用工单位应及时与劳务派遣单位沟通，共同商讨处理方案。劳务派遣单位应对劳务派遣人员进行批评教育，帮助其认识错误。
- 采取处罚措施：根据违规情节的轻重，采取适当的处罚措施。轻微违规可给予警告、罚款或调整工作岗位；严重违规则可能涉及解除劳动合同。
- 培训教育与重新安置：对于被退回的劳务派遣人员，劳务派遣单位应进行针对性的培训教育，提高其职业素养和工作技能。培训结束后，可根据其表现和能力重新为其寻找合适的用工单位。
三、注意事项与连带责任
- 保障合法权益：在采取任何处罚措施前，应确保处罚决定符合法律法规和规章制度的要求，并保障劳务派遣人员的合法权益。例如，罚款金额不得超过法定限度，解除劳动合同需依法进行并支付相应经济补偿等。
- 连带责任与赔偿：如果劳务派遣人员的违纪行为与用工单位的违规行为有关，且给劳务派遣人员造成了损害，劳务派遣单位和用工单位应承担连带赔偿责任。这要求用工单位在管理劳务派遣人员时，必须严格遵守相关法律法规和规章制度，避免引发不必要的法律纠纷。
四、总结与建议
对政府部门劳务派遣人员违纪行为的处理，必须严格遵守劳动法律法规和规章制度，确保处罚的合法性和合理性。同时，应注重公平、公正原则，保障劳务派遣人员的合法权益。在处理过程中，用工单位和劳务派遣单位应加强沟通与协作，共同维护良好的用工秩序和劳动关系。
为了有效预防和处理劳务派遣人员违纪行为，建议政府部门和劳务派遣单位：
- 完善派遣协议和内部规章制度，明确违纪处理方式和标准；
- 加强劳务派遣人员的培训和教育，提高其职业素养和工作技能；
- 建立有效的监督机制，及时发现和纠正劳务派遣人员的违规行为；
- 在处理违纪行为时，注重证据收集和事实认定，确保处罚决定的公正性和合法性。