在合同纠纷案件中，如果被告对签字不认可，通常应遵循“谁主张，谁举证”的原则来确定鉴定申请人。以下是针对这一问题的详细解答：

1. 一般原则：

   • 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，提出主张的一方（通常是原告）应就签字真实性承担初步举证责任。如果原告凭有被告签字的文件主张权利，而被告否认签字真实，那么被告应申请笔迹鉴定并预交费用，以证明自己的反驳主张。

2. 特殊情况：

   • 如果案件存在特殊情况，例如原告已经提供了签字真实性存疑的初步证据，或者被告的否认没有合理依据，法院可能会根据公平原则和案件实际情况，要求原告申请鉴定，或者依职权启动鉴定程序。

3. 举证责任转移：

   • 在某些情况下，如果被告提出了合理的质疑，并且原告无法进一步提供证据支持其主张，举证责任可能会部分转移至被告，要求被告提供相反证据（如申请鉴定证明非本人签字）。

4. 法院的角色：

   • 法院在鉴定程序中通常起到引导和组织的作用。法院会告知双方当事人鉴定的必要性、申请鉴定的期限以及提供比对样本的要求。如果一方当事人无正当理由拒绝鉴定或拒不提供样本，法院可能会根据现有证据作出对其不利的推定。

5. 实际案例：

   • 在实际案例中，如果原告持有一份有被告签字的合同或结算凭证起诉被告，而被告否认签字真实性但未申请鉴定，法院可能会直接采信原告提供的证据，判决被告承担相应的法律责任。

综上所述，如果被告对签字不认可，一般应由被告申请笔迹鉴定并预交费用。但这也取决于案件的具体情况和法院的裁量。如果你面临类似的问题，建议尽快咨询专业律师，以便根据你的具体情况制定合适的诉讼策略。