您好，关于公司内部认定工伤后工资如何发放的问题，以下是详细且清晰的解答：

一、工资发放的标准与原则

当职工因工作原因遭受事故伤害或患职业病，并需要暂停工作接受医疗时，就进入了我们所说的“停工留薪期”。在这个期间内，职工的原工资福利待遇是不变的，这包括了计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等（但不包含加班工资，因为此期间并未进行加班工作）。并且，这些待遇应由所在单位按月及时足额支付，确保员工的合法权益得到充分保障。

二、发放期限与相关的评定

1. 一般期限：停工留薪期通常不会超过12个月。
2. 特殊情况的延长：如果伤情严重或者存在特殊情况，经过设区的市级劳动能力鉴定委员会的确认，这个期限可以适当延长，但延长时间同样不得超过12个月。
3. 伤残评定后的待遇变化：一旦工伤职工被评定为某个伤残等级，就会停发原来的工资福利待遇，转而按照伤残等级对应的标准来享受伤残津贴或其他相关的伤残待遇。这个新的待遇标准是从评定伤残等级的次月开始执行的。
4. 后续的医疗待遇：如果工伤职工在停工留薪期满后仍然需要治疗，那么他们将继续享受工伤医疗待遇。如果职工不能恢复工作，用人单位应该根据实际情况进行妥善安置，比如调整工作岗位或支付生活费等。

三、特殊情况的处理与权益维护

1. 停工留薪期的具体确定：这个期限的具体确定需要依据医疗机构出具的诊断证明或休假证明，部分地区可能还需要进行工伤康复期的确认等程序。因此，员工在就医时应该及时保留好相关的医疗证明文件。
2. 遵守单位规章制度：在享受停工留薪期待遇期间，员工也需要遵守单位的规章制度和劳动纪律，不得从事与工作无关的活动。
3. 应对不依法支付的情况：如果用人单位没有按照规定支付工资，员工首先可以尝试与用人单位进行协商解决；协商不成时，可以向本单位的劳动争议调解委员会申请调解；如果调解仍然无法解决问题，那么可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（请注意，申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算）；最后，如果对仲裁裁决不服，除法律另有规定外，还可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，公司内部认定工伤后的工资发放是遵循明确的法律法规和政策规定的。对于员工来说，了解自己的权益和相关的规定是非常重要的；而对于用人单位来说，也需要严格按照规定来执行，确保员工的合法权益不受损害。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。