企业自建房屋无产权证不能开出发票，且此行为不合法。具体分析如下：

1. 产权证与发票的关系：

   • 产权证是房屋所有权的法律凭证，证明房屋归属和合法性。
   • 发票是交易凭证，用于证明买卖、提供劳务等经济活动的发生和款项的收付。
   • 在正常情况下，只有具有合法产权的房屋才能进行买卖等交易，并据此开出发票。

2. 无产权证房屋的交易限制：

   • 无产权证的房屋，其所有权存在法律上的不确定性，无法证明房屋的合法归属。
   • 因此，这类房屋无法进行合法的买卖交易，也就无法开出发票。

3. 合法性分析：

   • 根据相关法律法规，房屋交易必须合法、合规，且需具备完整的产权证明。
   • 无产权证房屋的交易违反了法律法规，因此是不合法的。
   • 相应地，为这种不合法交易开出发票也是不合法的。

4. 建议与风险提示：

   • 企业应避免自建无产权证的房屋，或尽快补办相关手续以取得产权证。
   • 在进行房屋交易时，应确保房屋具备合法的产权证明，以避免法律风险和经济损失。
   • 如已涉及无产权证房屋的交易问题，建议尽快咨询专业律师以寻求法律帮助。

综上所述，企业自建房屋无产权证不能开出发票，且此行为不合法。企业应遵守相关法律法规，确保房屋交易的合法性和合规性。