公司以项目未完成扣发项目提成是否合法，取决于具体的劳动合同约定以及公司的规章制度。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中明确规定了项目提成的支付条件，包括项目完成与否作为支付提成的先决条件，那么公司按照合同约定扣发提成是合法的。
   • 如果劳动合同中没有明确规定项目完成与否作为支付提成的条件，或者提成支付与项目完成无直接关联，那么公司仅以项目未完成为由扣发提成可能构成违约，员工有权要求公司支付提成。

2. 公司规章制度：

   • 如果公司规章制度中明确规定了项目提成的支付规则，并且这些规则已经过员工同意或公示，那么公司可以按照规章制度扣发提成。
   • 如果公司规章制度中没有相关规定，或者规章制度的制定和执行存在违法情形，那么公司扣发提成的行为可能不合法。

3. 法律建议：

   • 员工在遭遇公司扣发提成时，应首先查看劳动合同和公司规章制度，了解提成支付的具体条件和规则。
   • 如果认为公司扣发提成的行为不合法，可以与公司进行沟通协商，要求公司支付提成。
   • 如果沟通协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，公司以项目未完成扣发项目提成是否合法，需要综合考虑劳动合同约定、公司规章制度以及具体法律规定。如果员工对此有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。