在行政诉讼中，对于已拆除的未登记建筑物，法官的认定通常涉及多个方面，包括建筑物的性质、拆除程序的合法性、以及赔偿责任的界定等。以下是对这一问题的详细分析：

1. 未登记建筑性质认定：

   • 未登记建筑并不等同于违法建筑。法官会根据建筑物的实际情况，结合相关法律法规，判断其是否属于违法建筑。
   • 若建筑未取得建设工程规划许可证或者未按照规划许可证的规定进行建设，且不符合补办条件等，则可能被认定为违法建筑。
   • 但如果是因历史原因（如当时未要求办理规划许可等）或政策因素导致未登记，法官在认定时会考虑这些因素，不应简单地将其认定为违法建筑。

2. 拆除程序合法性审查：

   • 法官会严格审查行政机关拆除建筑物的程序是否合法。
   • 依据《行政强制法》，行政机关在拆除建筑前需履行法定程序，包括事先催告、作出强制执行决定、送达决定书、公告限期拆除等。
   • 若行政机关未履行上述程序，或程序存在瑕疵，法官将认定拆除行为程序违法。

3. 赔偿责任界定：

   • 若拆除行为被确认违法，且未登记建筑并非完全违法建筑，或建筑内有当事人的合法财产，当事人可主张行政赔偿。
   • 法官在界定赔偿责任时，会考虑建筑物的实际情况、当事人的损失情况、以及行政机关的过错程度等因素。
   • 对于建筑本身，若因历史原因等存在一定合理性，法官会根据建筑实际情况，参考类似房屋市场价格等因素确定赔偿金额。
   • 对于建筑内财产，当事人应提供证据证明财产损失情况，若因行政机关拆除时未履行合理保管等义务导致当事人无法举证，法官会依据逻辑推理、生活经验等确定赔偿金额。

综上所述，在行政诉讼中，对于已拆除的未登记建筑物，法官会综合考虑建筑物的性质、拆除程序的合法性以及赔偿责任的界定等多个方面作出认定。若您面临此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。