判决行政机关履行拆除违法建筑职责后，执行程序通常按以下步骤进行：

1. 生效判决确认与执行启动
   首先需确认判决已生效（如上诉期届满且无上诉，或二审维持原判）。此时，行政机关应主动履行判决义务，制定拆除方案并组织实施。若行政机关未履行，权利人（如相邻业主、规划部门等）可向法院申请强制执行，需提交生效判决书、执行申请书等材料。

2. 法院审查与执行裁定
   法院受理申请后，会审查判决合法性及行政机关履职情况。若行政机关无正当理由拒不履行，法院将裁定强制执行，并明确执行方式（如自行拆除或委托第三方拆除）、期限及费用承担（通常由违法建筑所有人承担）。

3. 执行实施与现场保障
   执行阶段由法院主导，行政机关配合：

   • 公告与催告：法院会张贴拆除公告，责令违法建筑所有人限期自行拆除；逾期未履行的，启动强制拆除程序。
     
   • 现场执行：法院可协调公安、城管等部门维持秩序，确保拆除安全。若遇阻挠，可依法采取强制措施（如带离现场、罚款等）。
     
   • 物品清点与保管：拆除前需对建筑内物品登记造册，妥善保管或通知所有人领回，避免财产损失引发纠纷。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若建筑建于法律修订前，可能需结合当时政策判断合法性，执行中需兼顾社会稳定。
     
   • 执行异议：当事人对执行行为有异议（如程序违法），可向法院提出书面异议，法院将审查并作出裁定。
     
   • 赔偿与补偿：若拆除导致合法财产损失（如误拆附属设施），当事人可另案主张赔偿；若建筑因公共利益被拆除，可能涉及补偿问题，需另行协商或诉讼。

执行中的注意事项：

• 行政机关应严格遵循法定程序，避免因程序违法引发新的诉讼。
  
• 法院执行需平衡效率与公平，确保拆除行为合法、合理、必要。
  
• 当事人应积极配合执行，避免因抗拒执行面临罚款、拘留等法律后果。
  

如有具体案件细节或执行中的争议，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性建议。