结论前置：在违章建筑行政拆除程序违法的情况下，若该违法行为给行政相对人造成了损失，行政机关需依法承担赔偿责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与责任认定
《中华人民共和国国家赔偿法》第二条：明确规定了国家机关及其工作人员在行使职权时，若侵犯公民、法人和其他组织的合法权益并造成损害，受害人有权请求国家赔偿。这一条款为行政机关因程序违法而需承担赔偿责任提供了直接法律依据。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条：进一步规定，当法院确认行政行为违法或无效时，可以判决被告采取补救措施，并对原告因此造成的损失承担赔偿责任。这意味着，一旦拆除违建的程序被法院认定为违法，行政机关就需依法进行赔偿。
二、赔偿范围与标准
合法财产损失：
- 建筑材料损失：尽管违章建筑本身不受法律保护，但建筑材料属于当事人的合法财产。若行政机关在拆除过程中未采取合理措施妥善保管和处理建筑材料，导致损坏或丢失，当事人有权要求赔偿。
- 室内物品损失：违章建筑内的物品同样属于当事人的合法财产。行政机关在拆除前应通知当事人搬离，并对室内物品进行登记、保管。若未履行这些义务，导致室内物品损坏或丢失，当事人可以要求赔偿。
其他直接损失：
- 包括因违法拆除导致的临时安置费用增加、停产停业损失（若违章建筑用于合法经营）等直接经济损失，当事人也可以主张赔偿。
因果关系判定：
- 赔偿的前提是损失与被诉行政行为之间存在直接的因果关系。即，损失必须是由于行政机关的违法拆除行为直接造成的。若损失是由其他因素导致的，则不属于赔偿范围。
三、申请赔偿的途径与流程
提出行政赔偿申请：
- 当事人在确认拆除程序违法后，可向作出拆除行为的行政机关提交行政赔偿申请。申请书需详细说明赔偿请求、事实依据和理由，并附上相关证据材料，如建筑材料购买凭证、室内物品清单及价值证明等。
行政机关处理：
- 行政机关收到申请后，应进行审查核实。若认可赔偿请求合理，将作出赔偿决定；若不认可或部分认可，需书面说明理由。
复议或诉讼：
- 若当事人对行政机关的处理结果不满意，可在规定期限内申请行政复议或提起行政赔偿诉讼。通过上级行政机关的复议审查或法院的审判，可确定最终的赔偿责任和金额。
四、特别说明与风险提示
- 违章建筑本身的价值：由于违章建筑本身的建设缺乏合法依据，因此其本身的价值通常不在赔偿范围内。当事人只能就因拆除程序违法而导致的合法财产损失主张赔偿。
- 证据收集与保存：在申请赔偿过程中，证据的收集与保存至关重要。当事人应尽可能收集并保存与拆除行为、损失情况相关的证据材料，以便在申请赔偿或诉讼过程中提供有力支持。
- 法律程序与期限：当事人应严格遵守法律程序和期限要求，确保赔偿申请的及时性和有效性。若错过申请期限或未按照法定程序进行申请，可能会导致赔偿请求被驳回。
综上所述，违章建筑行政拆除程序违法时，若给行政相对人造成了损失，行政机关需依法承担赔偿责任。当事人在维护自身权益时，应充分了解相关法律法规和程序要求，并积极收集证据材料以支持自己的赔偿请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。