关于合同上甲方是A公司但盖章是B公司，且非分公司关系时合同是否有效的问题，我的结论是：合同的有效性取决于多种法律因素，不能一概而论。

首先，我们需要明确合同有效性的基本前提：依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。合同的成立通常需要双方当事人在合同书上签字或盖章，且合同内容不得违反法律法规的强制性规定，不得违背公序良俗。

接下来，我们分析甲方是A公司但盖章是B公司这一特定情况对合同效力的影响：

1. 代理权情况：

   • 如果B公司是A公司的代理人或受托人，并且在代理或受托范围内签订合同，那么合同可能对A公司产生法律效力，前提是代理或受托关系得到法律认可，并且合同内容符合相关法律法规。
   • 如果B公司没有代理权或受托权，或者超越了代理或受托范围，那么合同在A公司和B公司之间可能不产生法律效力。但是，如果A公司事后对B公司的行为进行了追认，那么合同可能自始对A公司产生法律效力。

2. 善意第三人的保护：

   • 如果合同另一方（即非A、B公司的第三方）在签订合同时有合理理由相信B公司有代理权或受托权，并且该第三方是善意的，那么根据法律原则，合同可能对A公司产生法律效力，以保护善意第三人的合法权益。

3. 合同内容的合法性：

   • 无论甲方是A公司还是B公司，合同的内容都必须符合相关法律法规的强制性规定，不得违背公序良俗。否则，即使合同形式上看似合法，也可能因为内容违法而被认定为无效。

综上所述，合同上甲方是A公司但盖章是B公司，且非分公司关系时，合同的有效性取决于多种法律因素的综合考量。为了准确判断合同的有效性，建议查阅相关法律法规，并咨询专业律师进行具体分析。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。