关于“未办理施工许可擅自施工违法行为追溯期限起算时间”的问题，我们可以从相关法律法规及实际案例出发，为您详细解析。

结论前置：未办理施工许可擅自施工的违法行为，其追溯期限的起算时间通常从违法行为终了之日起计算，即该违法行为被视为有继续状态，不受一般二年追溯时效的限制。

法律解释：

1. 《中华人民共和国行政处罚法》相关规定：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。但违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。

2. 实际案例解读：

   • 在实际案例中，如某污水处理项目未办理施工许可证擅自施工，被监督人员发现后，即使项目已进行一段时间，仍被视为违法行为在继续状态，因此可以从发现时开始计算追溯期限，并进行相应的行政处罚。

3. 特定情境下的应用：

   • 对于未办理施工许可擅自施工的违法行为，由于其带来的工程质量安全隐患和违反建筑法规的事实始终存在，因此应认定其行为有继续状态。这意味着，即使违法行为发生已久，只要未得到纠正，执法机关仍有权依法追究责任。

法律建议：

• 建设单位和施工单位应严格遵守建筑法规：在开工前，必须依法办理施工许可证，确保工程合法合规进行。
• 及时纠正违法行为：一旦发现存在未办理施工许可擅自施工的情况，应立即停止施工，并尽快补办相关手续，以避免可能的法律后果。
• 加强监管和自查：相关部门应加强监管力度，对违法行为进行严厉打击；同时，建设单位和施工单位也应加强自查自纠，确保工程合规进行。

综上所述，未办理施工许可擅自施工的违法行为，其追溯期限的起算时间从行为终了之日起计算。因此，建设单位和施工单位应严格遵守建筑法规，确保工程合法合规进行，避免可能的法律后果。如有任何疑问或需要进一步咨询，请随时向我提问。