离职时年假只给底薪是不合法的。

根据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，如果职工在离职时还有未休的年假，单位应当按照职工正常工作期间的工资标准来支付这部分年假的工资，而不仅仅是底薪。

具体来说，如果职工在离职时还有未休的年假，单位应当计算职工未休年假的天数，并按照职工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。因此，单位只支付底薪的做法是违反法律规定的。

如果你遇到了这种情况，可以与单位进行沟通协商，要求单位按照法律规定支付未休年假的工资。如果单位拒绝支付，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径来维护自己的合法权益。