公司直接从你工资里扣除电话卡费用是不合法的。下面我来详细解释一下：

1. 劳动合同的约定与变更：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第十七条及《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，劳动合同的订立和变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。公司未经你同意，单方面从你工资中扣除电话卡费用，违反了这一原则。

2. 员工隐私权的保护：

   • 公司使用你身份证办理电话卡，涉及到你个人信息的的使用。根据《中华人民共和国民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。虽然这不一定直接构成隐私权侵犯，但公司至少应当尊重你的意愿，并征得你的明确同意。

3. 工资扣除的合法性：

   • 工资是员工的合法收入，公司无权随意扣除。除非有明确的法律依据或劳动合同中的约定，否则公司不能单方面从你的工资中扣除任何费用。

综上所述，公司直接从你工资里扣除电话卡费用是不合法的。你可以与公司沟通，要求公司停止这一行为，并退还已经扣除的费用。如果公司拒绝，你可以考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。