逾期付款违约金的计算，在涉及天数时，通常按照一个自然年来计算，即365天。这是因为在计算违约金时，需要有一个统一的时间标准来确保计算的准确性和公平性。自然年作为一个普遍接受的时间单位，被广泛应用于各种法律和商业合同中。

具体来说，如果合同明确约定了违约金的具体数额或计算方法，并且涉及到按天计算违约金，那么在没有特别说明的情况下，一年应理解为365天。例如，如果合同约定逾期违约金为每日万分之五，那么逾期一天的违约金就是合同金额乘以0.05%，而一年的违约金就是合同金额乘以0.05%再乘以365。

当然，如果合同中有特别约定，比如使用其他时间单位（如工作日、月等）来计算违约金，或者对一年的天数有特别定义（如按照360天计算等），那么就应该按照合同的特别约定来执行。

此外，如果合同未约定违约金的具体数额或计算方法，一般可以按照同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率（LPR）来计算，并参照逾期罚息利率标准加收一定比例的罚息。在这种情况下，违约金的计算也会涉及到天数的计算，同样应该按照一个自然年（365天）来计算，除非有特别约定或法律规定。

总之，逾期付款违约金的计算方式和天数标准应该根据合同的约定和法律规定来确定。在涉及天数计算时，如果没有特别约定或法律规定，通常按照一个自然年（365天）来计算。