逾期付款的违约金计算方式主要依据合同中的具体约定，以下是详细且清晰的计算方式及注意事项：

一、合同中明确约定的情况

1. 固定金额：

   • 合同中可能明确约定每逾期一天应支付的固定金额，如“每日100元”。

2. 按比例计算：

   • 以逾期金额为基数，按一定比例计算违约金，如“按逾期金额的5%计算”或“每日按未付款金额的万分之五计算”。

3. 利息计算：

   • 将逾期款项视为借款，按照借款利率计算逾期利息作为违约金。

二、合同未明确约定的情况

• 若合同未约定逾期付款违约金的计算方式，根据相关法律规定，可以参照违约行为发生时中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准为基础，加计30%—50%计算逾期付款损失。

三、司法实践中的调整

• 在司法实践中，若违约金过高（通常指超过造成损失的30%）或过低，当事人可以请求法院或仲裁机构适当调整。
• 法院或仲裁机构会根据实际损失、合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则进行衡量和调整。

四、特别注意事项

1. 合理约定：

   • 违约金的约定应合理，过高或过低的约定都可能被法院调整，因此建议在签订合同时仔细考虑并咨询专业法律人士。

2. 明确细节：

   • 合同中应明确约定违约金的计算方式、起算时间等细节，以避免日后可能出现的纠纷。

3. 法律规定：

   • 逾期付款违约金的上限一般不超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。若约定的违约金超过此标准，违约方有权请求法院调整降低。

综上所述，逾期付款违约金的计算方式主要依据合同中的具体约定，并在未约定时参照相关法律规定进行计算。在签订合同时，应仔细考虑并明确约定违约金的计算方式和相关细节，以避免日后可能出现的纠纷。若在实际操作中遇到疑问或争议，建议咨询专业法律人士以获取准确的法律意见和帮助。