建设单位职工在施工单位工作，若存在违法违规行为，应依法进行处理。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 法律关系分析

1. 建设单位与施工单位的关系：建设单位通常负责工程项目的发起、规划和资金筹集，而施工单位则负责具体的施工工作。两者在工程项目中扮演不同的角色，但应各自遵守相关法律法规，确保工程项目的顺利进行。
2. 职工身份与职责：建设单位职工在施工单位工作，可能涉及兼职、借调或劳务派遣等多种情况。无论何种情况，职工都应遵守所在单位的规章制度，以及工程项目的相关法律法规。

二. 处理措施

1. 查证事实：首先，需要查证建设单位职工在施工单位工作的具体情况，包括其工作职责、是否存在违法违规行为等。这可以通过查阅相关合同、规章制度、工作记录等方式进行。
2. 依法处理：
   • 若职工存在违法违规行为，如未经批准擅自兼职、泄露商业秘密等，应根据相关法律法规和单位规章制度进行严肃处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动关系等。
   • 若职工的行为未构成违法违规，但存在不当之处，如工作疏忽、未履行好职责等，应给予相应的批评教育，并督促其改正。
3. 完善管理：建设单位和施工单位应加强对职工的管理，明确各自的职责和权限，防止类似情况的再次发生。同时，应建立健全的监督机制，确保职工遵守相关法律法规和单位规章制度。

三. 法律依据

• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（二）严重违反用人单位的规章制度的；……（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；……”
• 《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规也对建筑行业的从业行为进行了规范，要求从业人员遵守相关法律法规和职业道德，确保工程项目的质量和安全。

我的观点：建设单位职工在施工单位工作，应遵守相关法律法规和单位规章制度，确保工程项目的顺利进行。若存在违法违规行为，应依法进行处理，以维护工程项目的合法权益和社会秩序。同时，建设单位和施工单位也应加强对职工的管理和监督，防止类似情况的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。