公司单方面通过绩效考核系统对员工进行绩效考核是否合法，这个问题需要从多个角度来分析。

1. 合法性前提：

   • 公司进行绩效考核本身是合法的，也是企业管理员工、提高工作效率的一种常见手段。
   • 但是，绩效考核的实施必须遵循相关法律法规，确保考核过程公平、公正、公开，并保护员工的合法权益。

2. 考核制度的要求：

   • 考核制度的内容必须合法，不得违反《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的要求。
   • 考核制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 考核制度应明确考核指标与标准，这些指标应可量化、可衡量，并且要向员工公开。

3. 考核过程的实施：

   • 考核过程应规范，按照既定的考核周期和流程进行考核。
   • 考核数据应真实、准确，作为评价的依据。
   • 考核结果应及时反馈给员工，并与员工进行面谈，指出优点和不足，共同制定改进计划。

4. 单方面实施的合法性：

   • 如果公司单方面通过绩效考核系统对员工进行绩效考核，而没有经过上述的民主程序、未公开考核制度、未与员工进行充分沟通等，那么这种考核方式可能涉嫌违法。
   • 特别是如果考核过程中存在不公平、不公正、不透明的情况，或者考核结果直接影响了员工的薪酬、晋升等切身利益，而员工对此没有有效的申诉渠道，那么这种考核方式更可能被视为不合法。

综上所述，公司单方面通过绩效考核系统对员工进行绩效考核并不必然合法，关键在于考核过程是否遵循了相关法律法规的要求，是否确保了公平、公正、公开，以及是否保护了员工的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。