在申请工伤且已有交通事故认定书原件的情况下，人民调解协议书不是原件通常是可以的，但具体还需根据当地工伤保险部门的实际要求来确定。以下是详细分析：

1. 核心法律文件：在工伤申请中，交通事故认定书是证明事故发生及责任划分的关键法律文件。它通常由交通管理部门出具，具有法律效力，用于确认交通事故的基本事实、成因以及当事人的责任。因此，拥有交通事故认定书的原件对于工伤申请至关重要。

2. 人民调解协议书的性质：人民调解协议书是在人民调解委员会的主持下，双方当事人自愿达成的解决纠纷的书面协议。它虽然也是法律文件，但在工伤申请中，其重要性通常不及交通事故认定书。人民调解协议书主要用于解决当事人之间的民事纠纷，而工伤申请则更多关注事故本身及受伤员工的权益保障。

3. 原件与复印件的效力：在法律上，原件通常具有更高的证明力。然而，在工伤申请等行政程序中，复印件或经过公证、认证的复印件往往也被接受为有效证据。关键在于该复印件能够真实、准确地反映原件的内容，且申请人能够证明其来源的合法性。

4. 当地工伤保险部门的要求：由于工伤申请的具体程序和要求可能因地区而异，因此建议申请人直接咨询当地工伤保险部门或相关机构，以了解其对人民调解协议书原件或复印件的具体要求。这样不仅可以确保申请材料的完整性，还能提高申请的成功率。

综上所述，虽然人民调解协议书不是原件，但在申请工伤时，只要能够提供真实、有效的复印件或相关证明，并符合当地工伤保险部门的要求，通常是可以被接受的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。