关于施工协议书签订时是否需要双方公章，以及仅乙方公章是否有法律效力的问题，我可以给出以下解答：

首先，结论前置：

1. 施工协议书作为合同的一种，其签订通常需要双方（即甲方和乙方）均加盖公章或合同专用章，以确保合同的正式性和法律效力。
2. 如果仅乙方加盖公章，而甲方未加盖公章或合同专用章，那么该协议书在形式上可能存在瑕疵，其法律效力可能会受到质疑。

接下来，详细分析：

1. 合同成立与生效的要件：

   • 合同的成立需要双方意思表示一致，并达成合意。
   • 合同的生效则需要满足法律规定的要件，如合同主体具有相应的民事行为能力，合同内容合法且不违反公序良俗等。

2. 公章的作用：

   • 公章或合同专用章是法人或其他组织对外进行民事活动的重要凭证，加盖公章意味着该组织对合同内容的确认和承诺。
   • 在施工协议书中，双方加盖公章可以视为双方对合同内容的正式确认，是合同成立和生效的重要标志。

3. 仅乙方公章的法律效力：

   • 如果仅乙方加盖公章，而甲方未加盖公章，那么该协议书在形式上就不完整。
   • 在这种情况下，如果甲方事后追认或以其他方式表示对合同内容的认可，那么该协议书仍然可能具有法律效力。但如果甲方未予追认或表示反对，那么该协议书在法律上可能被视为未成立或无效。

4. 实际操作中的建议：

   • 在签订施工协议书时，双方应确保均加盖公章或合同专用章，以避免后续可能出现的法律纠纷。
   • 如果因特殊原因无法同时加盖双方公章，可以考虑采用其他方式（如签字、盖章后传真或扫描发送等）进行确认，并确保双方均对合同内容有明确的了解和认可。

综上所述，施工协议书的签订通常需要双方均加盖公章或合同专用章以确保其法律效力。如果仅乙方加盖公章，其法律效力可能会受到质疑。因此，在实际操作中，建议双方均按照法律规定和合同约定进行签字盖章，以确保合同的正式性和有效性。如有任何疑问或需要进一步咨询，请随时向我提问。