结论前置：承包合同协议书上甲方承建方只盖公章，该合同在符合一定条件下是有效的。下面我将从多个角度为您详细分析。
公章的法律效力：
- 公章是法人权利的象征，在合同上加盖公章，通常代表法人对合同内容的认可和接受，具有法律效力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，仅从公章的角度来看，加盖公章的合同是具备成立要件的。
合同有效的其他条件：
- 除了公章外，合同的有效性还取决于其他多个因素，如合同内容是否合法、合同双方是否具备相应的民事行为能力、合同是否双方真实意思的表示等。如果合同内容违法或者存在欺诈、胁迫等情形，即使加盖了公章，合同也可能被认定为无效。
仅盖公章的特殊情况：
- 在某些特殊情况下，仅盖公章可能不足以证明合同的有效性。例如，如果合同涉及重大交易或需要特定授权的事项，而甲方承建方仅加盖公章而未有法定代表人或授权代表的签字，可能会引发对合同真实性和合法性的质疑。但这种情况并非绝对，具体还需结合合同内容、交易习惯以及相关法律法规进行综合判断。
实践中的建议：
- 为了确保合同的有效性，建议在签订合同时，除了加盖公章外，还尽量要求法定代表人或授权代表签字。这样不仅可以增强合同的真实性和合法性，还可以在后续履行过程中减少不必要的纠纷。
- 如果合同已经签订且仅盖有公章，但双方对合同内容无异议且已实际履行，那么该合同通常会被认定为有效。然而，如果后续出现纠纷，仅凭公章可能难以完全证明合同的真实性和合法性，因此建议在签订合同时尽量完善相关手续。
进一步思考：在签订合同时，除了关注公章的问题外，还应仔细审查合同内容、了解对方当事人的资质和信誉情况、明确双方的权利和义务等。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。