可以代理。以前在检察院做聘用制书记员，并不影响之后作为律师代理该检察院起诉的嫌疑人的辩护。以下是具体的分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国律师法》及相关法律法规，律师有权依法为犯罪嫌疑人、被告人提供法律帮助，包括辩护。
   • 聘用制书记员在检察院的工作经历，并不构成律师执业的法定限制或禁止条件。

2. 职业道德与回避制度：

   • 律师在执业过程中应遵守职业道德，确保公正、独立地为当事人提供法律服务。
   • 如果律师认为自己与案件存在利害关系或其他可能影响公正执业的情况，应主动申请回避。但聘用制书记员的工作经历，通常不构成需要回避的法定理由。

3. 实际情况分析：

   • 聘用制书记员在检察院的工作主要是辅助性的，如记录、整理案件材料等，并不直接参与案件的决策或审理。
   • 因此，作为曾经的聘用制书记员，对检察院的办案流程和工作方式可能有一定了解，但这并不妨碍其作为律师为嫌疑人提供辩护。

综上所述，以前在检察院做聘用制书记员后当律师，是可以代理该检察院起诉的嫌疑人的辩护的。在执业过程中，律师应遵守法律法规和职业道德，确保为当事人提供公正、专业的法律服务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。