套取金融借款借给他人，偿还后双方达成的调解协议，其有效性需要根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 调解协议的法律效力：

   • 一般来说，双方自愿达成的调解协议，如果内容合法、意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的，对双方均具有法律约束力。

2. 套取金融借款的法律后果：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，如果出借人套取金融机构贷款后转贷给他人，且借款人事先知道或应当知道这一情况的，那么双方之间的民间借贷合同将被认定为无效。
   • 在这种情况下，即使双方后来达成了调解协议，但由于原借贷合同无效，调解协议中涉及原借贷合同的内容也可能因此受到影响。

3. 偿还后的影响：

   • 如果借款人已经偿还了套取的金融借款，那么这一行为本身并不直接决定调解协议的有效性。
   • 偿还行为可能表明借款人已经履行了某种义务，但并不能直接证明原借贷合同或调解协议的合法性。

4. 综合判断：

   • 因此，要判断套取金融借款借给他人后偿还后双方达成的调解协议是否有效，需要综合考虑多种因素，包括调解协议的具体内容、双方的真实意思表示、原借贷合同的合法性以及偿还行为对协议效力的影响等。
   • 如果调解协议是在双方充分了解情况、自愿且合法的基础上达成的，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么即使存在套取金融借款的情况，该协议仍有可能被认定为有效。

综上所述，套取金融借款借给他人后偿还后双方达成的调解协议的有效性是一个复杂的问题，需要根据具体情况来判断。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，建议直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。