在合同纠纷中，当合同内容与投标答疑内容不一致时，关于结算应执行哪个的问题，我们可以从以下几个方面进行分析和回答：
结论前置
- 一般情况下，应以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据。
- 若合同中约定了文件优先顺序，且合同协议书不背离招投标文件的实质性条款，则可按合同约定执行。
- 若合同实质性条款与招投标文件不一致，则这些条款无效，仍应以招投标文件为准。
详细分析
招投标文件的法律效力：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二十二条，当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致时，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应予支持。
合同文件优先顺序的约定：
- 如果当事人在合同中明确约定了合同文件的优先顺序，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当尊重当事人的意思自治，按照约定的优先顺序执行。
- 但需要注意的是，如果合同协议书在实质性条款方面与招投标文件不一致，那么这些条款因为违反了《招标投标法》的规定而应属无效，不能产生约束当事人的法律效力。
招投标活动的合法性：
- 参照招投标文件结算工程价款的前提是招投标活动合法有效。如果招投标本身存在无效情形，如违反法律法规的强制性规定、存在串通投标等，那么招投标文件就不能作为结算工程价款的根据。
综上所述
在合同纠纷中，当合同内容与投标答疑内容不一致时，首先应判断招投标活动的合法性。在招投标活动合法有效的前提下，一般以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据。但如果合同中约定了文件优先顺序，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不背离招投标文件的实质性条款，那么可以按照合同约定执行。如果合同实质性条款与招投标文件不一致，则这些条款无效，仍应以招投标文件为准。
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