当工程项目合同中的付款条款与投标文件不一致时，施工方应当采取以下步骤来妥善处理这一问题，以确保自身权益并维护合同的合法性和有效性：

一、明确法律原则与合同约定

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。价款支付条款作为合同的核心内容之一，属于实质性条款。因此，如果合同中的付款条款与投标文件存在不一致，可能涉及对合同实质性内容的变更，这是需要谨慎处理的。

同时，施工方应仔细审查施工合同中是否规定了合同文件的优先解释顺序。如果招标文件被列为优先解释的文件，那么应优先考虑招标文件中的付款条款；反之，则按施工合同约定执行。但无论如何，都需确保处理结果不违反法律法规的强制性规定。

二、分析不一致的原因及影响

接下来，施工方需要分析付款条款不一致的具体原因，如是否是招标文件编制不严谨、合同签订过程中双方对条款进行了修改但未明确记录，或是双方对条款的理解存在差异等。同时，要评估这种不一致对双方权利义务的影响，以及可能引发的争议和风险。

三、采取解决策略

1. 优先遵循招标文件与投标文件的一致性：

   • 如果招标文件经过合法程序发布，且中标人在投标时未对付款条款提出异议，那么应优先遵循招标文件及投标文件中的规定。因为这两份文件是投标人参与投标的依据，也是评标委员会评审投标文件的基础。

2. 与招标方协商：

   • 施工方应及时与招标方进行沟通，就付款条款的不一致进行讨论，尝试达成一致意见。在协商过程中，可以邀请第三方专业机构或专家进行调解或咨询，以协助双方达成共识。

3. 签订补充协议或备忘录：

   • 如果双方协商一致，应及时签订补充协议或备忘录，明确付款的具体条款和细节。补充协议或备忘录应作为合同的组成部分，具有同等法律效力，以确保双方权益得到妥善保护。

4. 审查合同条款的合法性：

   • 在协商过程中，施工方还应检查合同中关于付款的条款是否违反了法律法规的强制性规定。如果合同条款违法，则该条款无效，应按照法律法规的规定执行。

四、寻求法律途径解决（如协商无果）

如果经过协商仍无法达成一致意见，施工方可以考虑通过法律途径解决争议。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，由司法机关或仲裁机构根据事实和法律规定作出裁决。在诉讼或仲裁过程中，施工方应提供充分的证据来支持自己的主张，如招标文件、投标文件、合同文本、往来函件等。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个处理过程中，施工方应妥善保留相关证据，以备不时之需。这些证据将有助于证明自己的主张和权益。

2. 及时沟通：双方应保持及时有效的沟通，避免误解和误判。通过沟通可以更好地理解对方的立场和需求，从而找到更合理的解决方案。

3. 遵守程序：在处理争议时，施工方应遵循法定程序和合同约定，确保处理结果的合法性和有效性。不要采取非法手段来解决问题，以免引发更大的法律风险。

综上所述，当工程项目合同中的付款条款与投标文件不一致时，施工方应综合考虑法律规定、合同约定以及行业惯例，通过协商、签订补充协议或备忘录、寻求法律途径等方式来寻求合理的解决方案。