当合同与招标文件存在不一致时，处理的方式需要遵循相关法律法规，并确保公平、公正和合法性。以下是对此问题的详细解答：
一、明确不一致的性质与影响
首先，要仔细分析合同与招标文件之间的不一致之处，明确这种不一致是否涉及合同的实质性内容，如工程范围、质量标准、价款、履行期限等。如果只是一些非实质性的细微差别，可能不会影响合同的执行和效力。但如果涉及实质性内容，就需要特别谨慎处理。
二、遵循法律法规
依据《招标投标法》及其实施条例：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。如果合同与招标文件不一致，且这种不一致构成了背离合同实质性内容的情况，那么应当责令改正，并可能面临罚款等法律责任。
参考最高院解释：根据《最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，如果当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
三、处理建议
协商一致：在发现合同与招标文件不一致时，首先应当尝试通过协商的方式解决。双方可以就不一致的内容进行谈判，寻求一个双方都能接受的解决方案，并修改合同以符合招标文件的要求。
遵循中标合同：如果协商无果，且不一致的内容涉及合同的实质性内容，那么应当遵循中标合同的原则来处理。即按照招标文件和中标人的投标文件来订立书面合同，并确保合同的内容与中标通知书的要求一致。
法律途径：如果无法通过协商或遵循中标合同的方式解决不一致问题，那么可以考虑通过法律途径来解决争议。例如，可以向相关行政监督部门投诉，或者通过诉讼的方式寻求法律救济。
四、注意事项
及时沟通：在发现合同与招标文件不一致时，应当及时与对方沟通，明确问题所在，并寻求解决方案。避免因为拖延而导致问题扩大或复杂化。
保留证据：在处理不一致问题的过程中，应当注意保留相关证据，如招标文件、投标文件、合同文本、沟通记录等。这些证据在后续的处理过程中可能会起到关键作用。
综上所述，当合同与招标文件存在不一致时，应当遵循相关法律法规和原则来处理。通过协商、遵循中标合同或法律途径等方式寻求解决方案，并确保处理过程的公平、公正和合法性。