房产证附记夫妻关系约定在某些情况下是有效的。具体分析如下：

首先，我们要明确的是，房产证上的附记内容，如果涉及夫妻关系的财产约定，其实质是一种财产协议的体现。这种协议的有效性，主要取决于其是否符合法律的相关规定。

1. 符合法律规定的有效性：

   • 如果夫妻双方在平等、自愿的基础上，对房产的归属、使用、收益、处分等权利进行了明确的约定，并且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种约定就是有效的。
   • 在这种情况下，即使房产证上没有进行变更登记，附记中的夫妻关系约定也仍然具有法律效力。因为，根据《民法典》的相关规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。

2. 可能存在的无效情况：

   • 如果附记中的夫妻关系约定存在欺诈、胁迫等违法情形，或者违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这种约定就是无效的。
   • 此外，如果约定内容不明确，或者双方对约定内容存在重大误解，也可能导致约定的无效或部分无效。

3. 实际操作的建议：

   • 虽然附记中的夫妻关系约定在某些情况下是有效的，但为了更好地保护双方的权益，建议还是通过正式的财产协议或者房产变更登记来明确房产的归属和使用权。
   • 如果双方对房产的约定存在争议，或者需要进一步的法律帮助，可以寻求专业律师的咨询和协助。

综上所述，房产证附记夫妻关系约定在符合法律规定的情况下是有效的。但为了确保双方权益的明确和保护，建议还是通过更正式的方式来明确房产的归属和使用权。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。