旧债存瑕疵的情况下达成的还款协议一般能消灭旧债，但具体还需根据瑕疵的性质及还款协议的内容来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 还款协议的性质：

   • 还款协议是债权人与债务人之间就债务偿还事宜达成的新约定，它通常包含了债务的金额、偿还方式、偿还期限等关键条款。
   • 当双方就旧债的偿还达成新的还款协议时，这通常意味着双方对旧债的重新确认和安排。

2. 旧债瑕疵的影响：

   • 旧债存在的瑕疵可能涉及债务的合法性、金额的准确性、履行情况等多个方面。
   • 如果瑕疵并不影响债务的实质存在，只是债务履行过程中的一些小瑕疵，那么还款协议的达成仍然可以视为双方对债务的有效确认和安排。
   • 但如果瑕疵严重到影响债务的合法性或根本性履行，那么还款协议可能无法完全消灭旧债，或者需要在协议中特别说明并处理这些瑕疵。

3. 还款协议对旧债的消灭作用：

   • 在一般情况下，当双方就旧债达成新的还款协议，并且按照协议履行完毕时，旧债即被视为消灭。
   • 还款协议中的条款通常会明确表明，一旦协议得到履行，双方之间的旧债关系即告终止。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果旧债的瑕疵导致还款协议无法履行或履行存在重大争议，那么双方可能需要通过法律途径来解决这些争议。
   • 在某些情况下，即使还款协议已经达成，但如果旧债的瑕疵涉及到第三方权益或违反法律法规，那么该协议可能无法完全消灭旧债。

综上所述，旧债存瑕疵的情况下达成的还款协议是否能消灭旧债，取决于瑕疵的性质、还款协议的内容以及双方的实际履行情况。在签订还款协议前，建议双方充分沟通并明确旧债的瑕疵情况，以确保协议的合法性和有效性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。