事业单位学校正式教师请假扣下的工资用于代课老师，这一做法的合法性需根据具体情况来分析。

首先，我们要明确的是，工资是劳动者基于劳动关系所获得的报酬，其归属和使用应当遵循相关法律法规和劳动合同的约定。在事业单位学校中，正式教师的工资是由国家财政或学校按照相关规定发放的，其请假期间工资的处理也应遵循相应的规定。

1. 若学校有相关规章制度明确规定：

   • 如果学校的规章制度中明确规定了正式教师请假期间工资的处理方式，并且这种处理方式（如扣下部分工资用于支付代课老师的费用）是符合法律法规的，那么这种做法就是合法的。
   • 但需要注意的是，这种规章制度必须是通过合法程序制定的，且内容不能违反国家法律法规和劳动合同的约定。

2. 若无相关规章制度或规章制度不合法：

   • 如果学校没有制定相关规章制度，或者制定的规章制度中关于正式教师请假期间工资的处理方式不符合法律法规，那么学校扣下正式教师的工资用于支付代课老师的费用就是不合法的。
   • 在这种情况下，正式教师可以向学校提出异议，要求学校按照法律法规和劳动合同的约定处理其请假期间的工资。

3. 从劳动法的角度来看：

   • 劳动法规定了劳动者的工资权益，包括工资的支付、扣除等。如果学校扣下正式教师的工资用于支付代课老师，而没有经过正式教师的同意或者没有合法的依据，那么这种行为就可能侵犯了正式教师的工资权益。
   • 正式教师可以通过法律途径来维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。

综上所述，事业单位学校正式教师请假扣下的工资用于代课老师是否合法，取决于学校的规章制度、法律法规以及劳动合同的约定。如果这种做法有合法的依据且符合相关规定，那么就是合法的；否则，就是不合法的。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。