公司认定责任制不付加班费是否违法，需视具体情况而定。以下是详细分析：
责任制与加班费的关系：
- 责任制一般指的是不定时工作制或综合计算工时工作制。在这类工作制下，如果工作时间不固定或已综合计算，且平均工作时间与法定标准工作时间基本相同，那么不加班就不违法。
- 但如果企业实行的所谓“责任制”未经劳动行政部门审批，实际是标准工时制，却要求劳动者不加班完成超出合理范围的工作任务，这可能违反法律规定。因为标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时，超出部分应认定为加班并支付加班费。
加班费的支付标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：安排劳动者延长时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
实际案例分析：
- 如果公司确实实行了经过审批的不定时工作制或综合计算工时工作制，并且劳动者的工作时间没有超过法定标准，那么公司不支付加班费是合法的。
- 但如果公司未经审批，或者虽然实行责任制但实际上要求劳动者在标准工时之外加班，且不支付加班费，那么公司的行为就违反了法律规定。
综上所述，公司认定责任制不付加班费是否违法，关键在于公司是否依法实行了责任制，以及劳动者的工作时间是否超过了法定标准。如果公司存在违法行为，劳动者有权要求公司支付加班费，并通过合法途径维护自身权益。如果你在这方面有具体的问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律分析和建议。