针对您提出的问题，“合同中约定乙方未在规定时间内完成任务就没收保证金的，能不能在协商的情况下”进行解答：
首先，结论是可以协商。合同中关于乙方未在规定时间内完成任务就没收保证金的条款，虽然是一种违约责任的约定，但并不意味着双方不能就此进行协商。
以下是对该问题的详细分析：
合同条款的性质：
- 合同中的条款是双方协商一致的结果，体现了双方的意思自治。
- 没收保证金的条款通常作为违约条款，用于约束乙方的行为，确保其按时完成任务。
协商的可能性：
- 合同法鼓励双方通过协商解决问题，即使合同中已有明确条款，双方仍可在遵循法律法规的前提下，通过协商对条款进行修改或补充。
- 如果乙方因特殊原因未能按时完成任务，且双方均有意愿继续合作，那么可以通过协商调整合同条款，如延长完成时间、减免部分保证金等。
协商的注意事项：
- 协商应基于平等、自愿的原则进行，任何一方不得强迫对方接受不公平的条件。
- 协商过程中，双方应明确修改或补充的内容，并确保修改或补充后的条款符合法律法规的要求。
- 协商达成一致后，应及时将修改或补充的内容以书面形式固定下来，作为合同的补充协议或修改协议，以确保双方的权益得到保障。
综上所述，合同中关于乙方未在规定时间内完成任务就没收保证金的条款是可以协商的。双方可根据实际情况和合作意愿，在遵循法律法规的前提下，通过协商对条款进行调整或修改。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。