结论：在工程项目手续尚未齐全的情况下，甲方与施工方签订合同并收取保证金的行为，存在较大的法律风险，且可能因违反法律法规的强制性规定而导致合同无效或部分无效。以下从多个角度进行详细分析：

1. 合同效力问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。工程项目手续不齐全，可能涉及违反城乡规划、建设许可等法律法规的强制性规定。若因此导致合同内容违法，则合同可能被认定为无效或部分无效。
   • 保证金作为合同的一部分，若合同因违法而无效，则保证金的收取也可能失去法律依据，甲方可能需要返还保证金给施工方，并可能承担因合同无效而产生的其他法律责任。

2. 行政处罚风险：

   • 工程项目手续不齐全而擅自开工或签订相关合同，可能面临行政主管部门的处罚，如罚款、责令停工、限期整改等。这些处罚不仅会影响项目的进度和成本，还可能对甲方的声誉和信用造成负面影响。

3. 民事纠纷风险：

   • 若因手续不齐全导致合同无法履行或产生争议，施工方可能要求解除合同、返还保证金并赔偿损失。这将给甲方带来不必要的经济纠纷和法律风险。
   • 此外，若因手续问题导致工程延期或质量不达标，甲方还可能面临业主或其他相关方的索赔和追责。

4. 法律建议：

   • 完善手续：在签订合同前，甲方应确保工程项目所需的所有手续均已齐全并合法有效。这包括但不限于规划许可、建设许可、施工许可等。
   • 谨慎签约：在手续齐全前，甲方应避免与施工方签订正式合同并收取保证金。若确需签订意向性协议或框架协议，应明确约定手续齐全后的正式签约条件和保证金的处理方式。
   • 咨询专业律师：在涉及工程项目合同签订和保证金收取等法律事务时，甲方应咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性，并降低法律风险。

后续行动建议：若您作为甲方或施工方，在工程项目中遇到手续不齐全而需签订合同或收取保证金的情况，建议您立即停止相关行为，并尽快完善所需手续。同时，您可以向我咨询具体的法律意见和解决方案，以确保您的合法权益得到保障。