在工程未进行正式变更的情况下，为了确保做事留好证据，你可以采取以下措施：
书面记录：首先，确保所有与工程相关的沟通、决策和指令都以书面形式进行记录。这包括电子邮件、会议纪要、工作日志等。书面记录能够明确责任，避免口头沟通带来的误解和遗漏。
拍照和录像：对于工程的现场情况、施工进度、材料使用等，可以通过拍照和录像的方式进行记录。这些直观的证据在后续可能发生的纠纷中，能够有力地证明工程的实际状况。
保留相关文件：所有与工程有关的合同、图纸、技术规范、质量检验报告等文件都应妥善保存。这些文件是工程合法性和质量标准的直接证据，对于维护自身权益至关重要。
见证与签字：在关键节点或重要变更发生时，尽量邀请第三方见证，并要求相关人员在书面记录上签字确认。这样既能增加证据的可信度，也能在纠纷发生时提供有力的证人证言。
建立档案系统：为了方便管理和查找，建议建立一个完善的档案系统，将所有与工程相关的证据按照时间顺序或类别进行整理归档。这样不仅能确保证据的完整性，还能在需要时迅速找到相关证据。
综上所述，通过书面记录、拍照录像、保留相关文件、见证签字以及建立档案系统等措施，你可以在工程未走正式变更程序的情况下，有效地留好证据，保护自身权益。如果在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。