核心结论：未办理工程变更手续已施工，可能面临合同违约、行政处罚、工程质量及安全风险以及后续结算纠纷等后果，需根据具体情况采取补救措施。以下从不同角度详细分析：

1. 合同层面

   • 违约风险：若施工合同中明确约定工程变更需履行特定手续（如书面变更通知、双方签字确认等），未办理手续即施工可能构成违约。根据《民法典》合同编，违约方需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。例如，发包方可能以“未按约定程序变更”为由拒绝支付变更部分工程款，或要求承包方承担返工费用。
   • 补救建议：立即与合同相对方（发包方或承包方）协商，补充办理变更手续（如签订补充协议、出具变更确认单），明确变更内容、价款及工期调整等条款，固定双方合意，避免后续争议。

2. 行政监管层面

   • 违规处罚：根据《建筑法》《建设工程质量管理条例》等规定，工程变更涉及规模、结构、使用功能等重大调整的，需向建设行政主管部门报备或重新审批。未履行手续可能被认定为“未按照规定办理工程变更手续”，面临责令改正、罚款（如处工程合同价款1%-2%的罚款）甚至停工整改等行政处罚。
   • 补救建议：主动向当地住建部门说明情况，提交变更设计文件、施工记录等材料，申请补办手续。若变更内容不涉及重大调整，可争取通过“简易程序”完成备案；若涉及重大变更，需配合行政机关完成重新审批流程。

3. 工程质量与安全层面

   • 隐患风险：未通过正规程序变更的工程，可能因设计不合理、施工不规范导致质量缺陷或安全隐患。例如，擅自增加楼层荷载可能引发结构安全问题，未报审的消防变更可能影响消防验收。
   • 补救建议：立即委托第三方检测机构对变更部分进行质量安全评估，出具检测报告；若存在隐患，需制定整改方案并实施，确保工程符合强制性标准。同时，保留检测、整改记录，作为后续抗辩或索赔的证据。

4. 结算与索赔层面

   • 纠纷风险：未办理手续的变更部分，发包方可能以“程序不合法”为由拒绝认可变更工程量，导致承包方无法主张变更价款；或承包方以“发包方口头同意变更”为由要求增加费用，但因缺乏书面证据陷入举证困境。
   • 补救建议：收集变更施工过程中的证据（如会议纪要、邮件往来、现场签证单、施工日志、材料采购凭证等），证明变更事实及实际投入成本；若双方对变更价款无法达成一致，可依据《建设工程工程量清单计价规范》或合同约定的争议解决方式（如仲裁、诉讼）主张权益。

总结：未办理工程变更手续已施工的，需从合同、行政、质量、结算四方面综合评估风险，优先通过协商补办手续、固定证据降低损失；若已产生纠纷，建议根据具体争议焦点（如违约责任、行政处罚、价款结算等）制定针对性策略，必要时委托专业律师介入处理。如有进一步问题，可直接向我咨询。