关于迟到扣全勤奖的处理，这通常涉及到公司的考勤管理制度以及劳动法的相关规定。首先，我们要明确的是，公司有权制定自己的考勤制度来管理员工，但这些制度必须遵循劳动法的相关规定，不能侵犯员工的合法权益。

在处理迟到扣全勤奖的问题时，公司应该遵循以下几个原则：

1. 合法性原则：公司的考勤制度必须符合法律规定，不能违反劳动法的强制性规定。例如，公司不能随意扣除员工的工资作为迟到罚款，除非这种扣除是合理且符合法律规定的。

2. 合理性原则：公司制定的考勤制度应该合理，不能过于苛刻或不近人情。例如，对于偶尔的迟到，公司可以考虑给予一定的宽容度，而不是一律扣除全勤奖。同时，扣除的金额也应该与员工的迟到行为直接相关，不能过大或过小。

3. 透明性原则：公司的考勤制度应该公开透明，让员工清楚了解自己的行为将会受到怎样的处理。这样不仅可以增强员工的自律性，还可以避免因为制度不明确而引发的纠纷。

具体到迟到扣全勤奖的处理方式，公司可以采取以下几种措施：

1. 设立迟到缓冲区：公司可以设立一定的迟到缓冲区，如规定员工在迟到后的几分钟内到达不算迟到，或者允许员工每月有几次迟到的机会而不影响全勤奖。

2. 按迟到次数或时间扣减奖金：对于超过缓冲区的迟到行为，公司可以根据迟到的次数或时间来扣减员工的全勤奖。例如，每次迟到扣除一定比例的奖金，或者迟到时间越长扣除的奖金越多。

3. 结合其他考勤指标综合评定：公司可以将迟到行为与其他考勤指标（如出勤率、早退次数等）结合起来，综合评定员工的全勤奖资格。这样不仅可以更全面地反映员工的考勤情况，还可以避免因为单一指标而导致的误判。

最后，需要强调的是，公司在处理迟到扣全勤奖的问题时，必须遵循公平、公正、合理的原则，确保员工的合法权益得到保障。同时，公司也应该加强与员工的沟通，了解员工的实际困难和需求，以便更好地制定和执行考勤制度。