公司迟到扣100元是否合理，并非一概而论，而是需要综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细分析：
合法性分析：
- 公司规章制度的制定必须遵循合法程序，即经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向员工公示告知。若公司关于迟到扣100元的规定经过了这样的合法程序，则在程序上是符合法律要求的。
- 同时，罚款行为不能违反法律强制性规定，罚款后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果因迟到一次扣100元导致劳动者当月工资低于此标准，那么这种扣款行为是违法的。
合理性分析：
- 公司若能证明员工迟到给公司造成了实际经济损失，且扣除的100元在合理弥补损失范围内，那么这种扣款具有一定合理性。
- 另外，还需要考虑公司的薪酬结构和整体待遇。如果公司整体薪酬水平较高，员工对迟到扣款规定知晓并接受，且公司在其他方面给予较好福利待遇，那么迟到一次扣100元可能被视为合理。反之，如果公司薪酬水平较低，迟到扣款占员工收入比例较大，那么扣款规定可能显得不合理。
劳动者权益保护：
- 劳动者如认为公司扣款行为不合理或不合法，首先应与公司进行沟通协商，表达自己的意见和诉求。
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，公司迟到扣100元是否合理，需要综合考虑规章制度的合法性、罚款的合理性及其与实际损失的关联性，以及薪酬结构和整体待遇的匹配度。如果你认为公司扣款行为不合理或存在争议，建议首先与公司进行沟通协商；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。