不可以，离职后补充负面考核意见放入档案是不合法的。

首先，从法律角度来看，员工的档案应当真实、客观地反映员工在职期间的表现和情况。一旦员工离职，用人单位应当及时、准确地为员工办理离职手续，并妥善保管好员工的档案。如果在员工离职后，用人单位擅自补充负面考核意见，这不仅违反了档案管理的相关规定，也可能侵犯员工的合法权益。

其次，补充负面考核意见可能会影响员工的后续就业和职业发展。档案是员工求职、晋升、评职称等的重要依据，如果档案中存在不实的负面考核意见，可能会对员工造成不必要的困扰和损失。

因此，我建议用人单位在员工离职时，应当严格按照相关规定办理离职手续，确保档案的真实性和客观性。如果员工发现自己的档案中存在不实的负面考核意见，可以向用人单位提出异议，要求更正或删除。如果用人单位拒不更正或删除，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

总之，离职后补充负面考核意见放入档案是不合法的，用人单位应当遵守相关法律法规，确保档案的真实性和客观性。