在行政诉讼中，若认定违法事实证据不足，法院将依据相关法律法规作出相应裁决或判决，可能包括撤销或部分撤销行政行为、判决补充证据或重新调查、直接判决行政机关败诉等。以下是对此情况的详细分析：
一. 法院的处理方式及法律依据
判决撤销或部分撤销行政行为，并可判决重新作出：
- 根据《行政诉讼法》的相关规定，当行政机关的行政行为所依据的事实不清、证据不足时，法院将判定该行政行为违法并予以撤销。例如，若城管部门在无充分证据的情况下对某商家进行罚款，法院可撤销此罚款决定，并可要求城管部门在一定期限内重新作出决定。
判决补充证据或重新调查：
- 在某些复杂或专业性较强的案件中，若行政机关初步提供的证据未能充分证明其行政行为的合法性，法院可给予合理期限，要求行政机关补充证据或重新调查，以确保行政决策的科学性和准确性。
直接判决行政机关败诉：
- 若行政机关无法提供足够证据支撑其行政行为，或者提供的证据无法证明其行政行为的合法性，法院将直接判决行政机关败诉，并判定行政行为违法。
二. 原告的应对策略
仔细研读判决书，明确后续行动方向：
- 原告应详细阅读法院的判决书，了解证据不足的具体原因和法院的裁决结果，以便有针对性地采取后续措施。
关注案件进展，准备再次诉讼：
- 若行政机关重新作出的行政行为仍存在证据不足等问题，原告可考虑再次提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
主张赔偿：
- 若因行政机关的错误行政行为导致原告遭受损失，原告可在行政诉讼中一并提出行政赔偿请求。
三. 被告（行政机关）的应对策略
及时上诉，提交新证据：
- 若行政机关认为法院判决有误，可在法定上诉期限内向上一级法院提起上诉，并提交新的证据材料和法律依据以争取改判。
重新审视行为，采取补救措施：
- 行政机关应认真反思原行政行为在证据收集方面的问题，并按照法定程序重新收集、整理证据。在重新作出行政行为时，必须确保有充分、合法的证据支撑。
依法履行举证责任：
- 在行政诉讼中，行政机关也应承担举证责任，提供充分、有效的证据证明其行政行为的合法性和合理性。
综上所述，面对认定违法事实证据不足的情况，无论是原告还是被告（行政机关），都应积极应对、依法行事。通过仔细研读判决书、积极履行举证责任、关注案件进展以及及时采取补救措施等方式来维护自身的合法权益和行政决策的合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。