工程款抵购房款协议在符合一定条件下是有效的。

首先，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。工程款抵购房款协议，作为双方对各自权利的处分，如果遵循了自愿、平等原则，且不违反法律、法规的强制性规定，那么该协议就是合法有效的。它确定了双方之间的权利义务关系，是双方真实意思表示的体现。

然而，也需要注意到一些可能导致协议无效的情形。例如，如果协议的主体不适格，如由无民事行为能力人签订，或者协议的意思表示不真实，如受欺诈、胁迫而签订，又或者协议的内容违法，如抵偿的房屋是违法建筑，那么这些情形都可能导致协议无效。

此外，如果协议在签订后双方未能按约履行，产生了纠纷，那么双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。在解决纠纷时，法院或仲裁机构会根据协议的具体内容、双方的履行情况以及相关法律法规来综合判断协议的效力及双方的责任。

综上所述，工程款抵购房款协议在符合法律法规的前提下是有效的，但也需要双方谨慎签订并严格履行，以避免可能的纠纷和风险。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。