“员工飞单”是否能立案，主要取决于该行为是否触犯了法律，并造成了实质性的损害。从您提供的参考信息中，我们可以对这一问题进行深入的分析。

首先，“飞单”通常指的是业务员在拿到订单后，不将订单交由自己受雇的公司处理，而是将订单转给其他公司或个人（包括以亲戚朋友名义开办的公司），以谋取私利。这种行为明显违反了诚实信用原则，并直接损害了受雇公司的合法利益。

在法律层面，如果员工与公司签订了劳动合同、保密协议或竞业协议，并明确规定了员工对公司商业秘密（包括客户信息）的保密义务，那么员工“飞单”行为就可能构成对保密义务的违反。进一步地，如果这种行为给原公司造成了重大经济损失，并且达到了法律规定的立案标准，那么原公司是有权向公安机关报案的，公安机关在调查后，如认为构成犯罪，会依法立案侦查。

从您提供的案例中可以看到，曹某和吴某作为甲公司的前员工，因为“飞单”行为被法院以侵犯商业秘密罪判处刑罚。这是因为他们不仅违反了与甲公司签订的保密协议和竞业协议，还使用了他们所掌握的甲公司客户信息等经营信息，将原属于甲公司的订单转移给其他公司，给甲公司造成了重大经济损失。

另一个案例中的L某，也因为在职期间的“飞单”行为和违反竞业限制义务，被法院判定支付违约金。这同样说明了“飞单”行为的法律后果。

综上所述，员工“飞单”行为如果违反了相关的保密协议或竞业协议，并给公司造成了实质性损害，那么是有可能被立案并追究法律责任的。因此，建议公司在与员工签订劳动合同时，应明确相关的保密和竞业限制条款，并加强员工在这方面的培训和教育，以预防类似行为的发生。同时，一旦发现有员工存在“飞单”行为，公司应及时采取措施保护自己的合法权益。