关于员工做私单是否可以立案的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来判断。员工做私单的行为，可能涉及多个法律层面，包括但不限于职务侵占、诈骗、违反公司规章制度等，是否立案也取决于这些行为是否触犯了法律，并且达到了立案的标准。

首先，如果员工利用职务之便，将公司财物非法占为己有，数额较大，这可能构成职务侵占罪。在这种情况下，公司可以向公安机关报案，如果公安机关认为符合立案条件，就会进行立案侦查。例如，在您提供的第一个案例中，员工王某利用职务便利，从多家供货商购进货物并低价出售牟利，最终因犯诈骗罪及职务侵占罪被法院判处刑罚。

其次，如果员工在私单交易中存在虚构事实、隐瞒真相等欺骗行为，骗取他人财物，数额较大，这可能构成诈骗罪。同样，受害人可以向公安机关报案，公安机关会根据情况进行立案侦查。

另外，即使员工做私单的行为没有直接触犯刑法，但如果违反了公司的规章制度，并且给公司造成了经济损失，公司也可以根据劳动合同或公司规章制度的规定，向员工追究违约责任或要求赔偿损失。在这种情况下，虽然可能不涉及刑事立案，但公司可以通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。例如，在您提供的第二个案例中，员工李某因接私单行为被公司告上法庭，最终法院判决李某赔偿公司损失。

总的来说，员工做私单是否可以立案，取决于具体行为是否触犯了法律，并且达到了立案的标准。如果涉及刑事犯罪，公安机关会依法进行立案侦查；如果涉及民事纠纷，公司可以通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。因此，我建议您在遇到类似情况时，先咨询专业律师或法律机构，了解具体的法律程序和维权途径。