政府文件的合法性审查通常由司法行政部门负责。具体来说：

1. 司法行政部门的职责：根据相关规定，如绍兴市合法性审查工作规定，司法行政部门负责本级人民政府的合法性审查工作，并加强对本辖区内合法性审查工作的统筹、指导和监督。这意味着，政府文件的合法性审查主要由司法行政部门来承担。
2. 其他相关部门的配合：虽然司法行政部门是主要负责部门，但各有关部门、乡镇人民政府、街道办事处也应当明确内部审查机构和人员，做好本单位的合法性审查工作。同时，司法所为乡镇人民政府、街道办事处开展合法性审查工作提供必要的协助和指导，并加强日常监督检查。
3. 合法性审查的范围：合法性审查工作涉及行政规范性文件、重大行政决策、重大行政执法决定、行政协议等多个方面。此外，还包括涉及增加公民、法人和其他组织义务或者减损其权益的行政行为，以及政府采购文件、政府采购合同等民事行为（但适用简易程序办理的行为事项可以不纳入合法性审查）。

综上所述，政府文件的合法性审查主要由司法行政部门负责，同时其他相关部门也需配合做好本单位的合法性审查工作。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。