农村建房只包工不包料，剩余工程款没给清，起诉后被告答辩房屋质量有问题，需具体分情况讨论。

一. 关于工程质量与工程款支付的关系

1. 工程质量与工程款支付的一般原则：在建筑工程合同中，工程质量与工程款支付是两个核心要素。通常，如果工程质量存在问题，发包人有权要求承包人承担修复责任或赔偿损失，但这并不直接等同于可以拒付工程款。

2. “只包工不包料”模式下的特殊性：在此模式下，承包人仅负责施工，材料由发包人自行采购。因此，如果房屋质量出现问题，首先需要明确问题是否由施工不当导致，还是由材料质量问题或其他因素引起。

3. 工程质量问题的举证责任：被告（承包人）若主张房屋质量有问题，应承担举证责任，即提供充分证据证明质量问题确实存在且是由其施工行为导致的。

二. 法律分析与建议

1. 依据合同条款寻求救济：双方应首先查阅合同条款，特别是关于工程质量、验收标准、工程款支付条件及违约责任等部分的约定。如果合同中有明确约定，应按照约定处理。

2. 工程质量鉴定的必要性：如果双方对工程质量存在争议，建议通过专业的工程质量鉴定机构进行鉴定，以明确质量问题的性质、原因及责任方。

3. 工程款支付与质量问题处理的分离：即使房屋存在质量问题，发包人也不能简单地以此为由拒付工程款。双方应就质量问题单独协商解决方案，如修复、赔偿等，而工程款的支付应按合同约定进行。

4. 法律途径解决争议：如果双方无法就工程质量及工程款支付问题达成一致，建议通过法律途径解决争议，如起诉至法院，由法院根据证据和法律规定作出裁决。

三. 总结与后续行动

• 我建议：双方应首先明确质量问题的性质及责任方，并依据合同条款寻求救济。如果无法达成一致，应尽快通过法律途径解决争议，以避免损失进一步扩大。
• 后续行动：你可以考虑聘请专业的工程质量鉴定机构进行鉴定，并准备充分的证据材料，以便在法庭上维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。